儲思盆

From：https://help.geneious.com/hc/en-us/articles/360045071671-What-are-the-hardware-requirements-for-assembly-of-NGS-data-using-the-Geneious-de-novo-Assembler-
以下內容使用google機翻

Geneious de novo Assembler組裝 NGS 數據的硬體需求是什麼？

Geneious de novo assembler 旨在用於細菌基因組和小型真核生物基因組。對於較大的真核生物基因組，我們建議使用 Velvet，它可作為 Geneious 套件使用。

存儲：Geneious de novo 組裝序對磁盤空間的要求非常高，因此對於大型程序集，可能需要 10 到 100 GB 的臨時存儲空間。將數據庫存儲在固態驅動器 (SSD) 上將大大提高速度和性能。

處理器：Geneious de novo 組裝程序是部分多線程的，因此添加處理器會稍微加快它的速度。與大多數計算一樣，處理器越快，內核越多，速度就會越快。

RAM：您需要多少 RAM 主要取決於數據集的大小和數據集的質量。下圖提供了您可能需要的最小和最大 RAM 量的粗略指南，具體取決於您的數據集大小和類型。

Geneious de novo Assembler 始終提供一個最小/最大估計，用於估計組裝選定數據集所需的 RAM 量，如果它預計沒有足夠的 RAM 來完成組裝，則不會運行。如果有疑問，只需選擇您的數據並啟動 Assembler 以查看預測的內存需求

RAM 要求的一般經驗法則：

組裝具有更高覆蓋深度的數據將需要更多 RAM——目標覆蓋範圍在 50 到 100 倍之間

組裝質量較低的數據，有更多的錯誤、插入缺失和間隙，將需要更多的 RAM

將數據集的大小（總核苷酸）加倍將大致使 RAM 需求加倍

對於 illumina 數據，大約需要 1 GB 的 RAM 來組裝 100 萬個讀取的數據集（平均讀取長度為 100 個核苷酸）

請注意，Geneious de novo 彙編器將允許您權衡 RAM 要求以換取速度（選擇自定義靈敏度和更多選項以降低 RAM 要求）。最低設置會將您的 RAM 要求降低大約一半。

我的從頭組裝需要多長時間？：

Geneious de novo 組裝器完成所需的時間取決於您的硬件、數據集的大小以及用於組裝的設置。降低“靈敏度”設置將增加裝配器的嚴格性並減少完成裝配所需的時間。